Tras la explosión que ocasionó la pérdida del Maine, las autoridades españolas solicitaron que se formase una comisión mixta hispano-americana para investigar las causas del accidente que a la postre significaría la guerra.

Pero la petición de las autoridades españolas, que deseaban fervientemente demostrar su absoluta inocencia (lo contrario provocaría una guerra no deseada por el gobierno de Madrid) no fue tenida en cuenta por las autoridades de los EEUU, que desestimaron su creación, para lo cual alegaron entre otros motivos que el pecio del Maine, aunque hundido en aguas españolas, formaba parte del territorio norteamericano.

Esto motivó que el Almirante Manterola, jefe del Apostadero de La Habana tomase la determinación de elaborar un informe sobre las causas que provocaron la explosión del Maine, para lo cual fue encargado de llevar las investigaciones el Capitán de Navío D. Pedro del Peral y Caballero, así como

el Teniente de Navío D. Francisco Javier de Salas y González que actuaría como secretario.
La Comisión española debió conformarse con la inspección de forma visual de los restos del Maine no sumergidos, ya que no se les permitió acceder al buque y mucho menos explorar su interior, así como a realizar un reconocimiento del fondo del puerto de La Habana y a recibir el testimonio de los testigos oculares del suceso.

Por su parte los EEUU habían formado su propia Comisión investigadora, formada por 4 oficiales de la US. Navy, que durante casi un mes interrogaron a los testigos y supervivientes del hundimiento y

estudiaron los informes facilitados por los buzos norteamericanosque inspeccionaron los restos del buque.
La Comisión la formaban:
q elCapitán de Navío William T. Sampson, que actuó como presidente de la misma;
q el Capitán de Navío French E. Chadwick, como vocal;
q el Capitán de Corbeta William P. Potter, también como vocal;
q el Capitán de Corbeta Adolph Marix, que actuaría como auditor.

Para la realización de sus trabajos de investigación contaron con una asignación de 200.000 dólares, siendo sus instrucciones al respecto bien precisas: "indagar diligentemente (...) si el buque se había perdido por negligencia de algún oficial o miembro de la dotación".

Mientras tanto, de las primeras manifestaciones del comandante del Maine, Capitán Sigsbee, se deduce que la explosión fue interna, pues así se lo haría saber al Capitán General de Cuba, General Blanco tras el trágico suceso.

Por su parte el cónsul americano en La Habana, Lee, también fue de la opinión en un primer momento su creencia en la explosión interna, concretando que podía haberse debido a que se estaban preparando ejercicios con torpedos que debían efectuarse al día siguiente. Sin embargo, ambos se retractarían de sus primeras manifestaciones poco después.

En sus primeras investigaciones fueron descartadas las teorías tendentes a la explosión interna como consecuencia de la combustión expontánea de una carbonera (Sigsbee relataría que había pasado

por allí días antes sin percibir que las paredes de la misma desprendieran calor), y mucho menos que hubiera podido ser provocada por las calderas del buque, bastante alejadas del punto del suceso.

Algunos testigos declararon haber oido dos grandes explosiones, siendo la segunda mayor que la primera, seguida de infinidad de explosiones menores producidas por los pañoles de municiones.

Por otro lado, los buzos norteamericanos señalaban que la quilla del Maine se encontraba doblada hacia dentro, en forma de "V" invertida, cosa que permitió a la Comisión de Investigación Americana sostener la teoría de la explosión externa producida por agentes españoles.
Los trabajos de investigación finalizaron el 15 de Marzo de 1.898, trasladándose los miembros que la formaban a Cayo Hueso a bordo del acorazado Iowa para redactar el memorando con las conclusiones finales (que llevarían finalmente a la tan anhelada guerra), entre las que se pueden mencionar las siguientes:

q que todas las municiones estaban almacenadas conforme a las ordenanzas;
q que en ninguno de los pañoles de pólvora existían objetos que no debieran ser almacenados allí;

q que las temperaturas en los pañoles se tomaban y registraban diáriamente.

Por su parte, la investigación española determinó que las causas de la explosión debieron ser internas debido a varios factores que apoyaban tales conclusiones:
q de haberse producido en el exterior como consecuencia de la explosión de una mina o de un torpedo, la onda expansiva hubiera acabado con la vida de infinidad de peces ( de los que era abundante la bahía de La Habana) sin que tal cosa hubiera sucedido;
q los buques españoles anclados cerca del Maine, y que participaron inmediatamente en las labores de socorro, hubieran sufrido daños de diversa índole, y tampoco se
dió tal caso.

En 1.911, sobre los restos del Maine comenzaba a crearse un banco de arena que entorpecía la navegación en el puerto, por lo que las autoridades cubanas solicitaron a los norteamericanos que

retiraran sus retos de allí, lo que serviría también para recuperar y enterrar dignamente los restos de algunos marineros que aún permanecía en su interior. Por todo ello, se tomó la decisión de iniciar las labores para reflotar el pecio.
Se formó entonces una nueva Comisión de Investigación que tras estudiar los restos emitió un nuevo informe que difería del anterior en varios pequeños detalles.
Según este nuevo informe la supuesta explosión exterior había sucedido no hacia proa, sino más bien hacia el centro del Maine, lo que invalidaba muchas

de las anteriores conclusiones emitidas por el equipo de Sampson.
La US. Navy remolcó los restos del Maine hasta alta mar y allí fueron hundidos solemnemente.